大玄沿襲前朝傳統，中樞設置政務院，設首相一位，宰相若干位，世人都稱之為某相、某中堂。
設六部（吏、戶、禮、兵、刑、工），各部長官（管部的大學士及尚書、侍郎等）稱堂官，部下屬各司的郎中、員外郎、主事以及主事以下的七品小京官稱為司官。
在六部之外和六部并立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、內務府。
軍事方面：軍隊主要看中樞系統。中樞又分京營和駐防兩部分，京營中侍衛皇帝的稱為親軍，由侍衛處（領侍衛府）領侍衛內大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清門侍衛和皇帝出行隨扈，權位尤重。其他守衛京師的有驍騎營、前鋒營、護軍營、步兵營、健銳營、火器營、神機營、虎槍營、善撲營等。驍騎營由虎衛軍都統直轄；前鋒營、護軍營、步兵營各設統領管轄；健銳營、火器營、神機營由于都是特種兵，設掌印總統大臣或管理大臣管轄；虎槍營專任扈從、圍獵等，設總統管轄；善撲營則專門練習摔角。
地方上：大致分省、府、縣三級，總督、巡撫為掌握行政、軍事、監察大權的高級地方官員，布政、按察兩使為督、撫的屬官。與督、撫平行的有駐防將軍和提督學政，不過駐防將軍只管駐軍；提督學政只管學校與科舉考試，其權力不能與督、撫相比的。省以下有道的設置，道為監察區性質，不算正式行政區。道主要有分守道和分巡道兩種，兼兵備銜，另有一些不屬布政、按察二司的道，如海關道、管河道、督糧道、鹽法道等。省以下為府，設知府、同知、通判等官，與府平行的有直隸廳，設同知、通判。府以下為縣，設知縣、縣丞、主簿等官，與縣平行的為散廳，設置同直隸廳。在少數民族地區則設專門機構管理，即土司，一般分為兩種：一種由軍事部門管轄，如宣慰司、宣撫司、安撫司、招討司、長官司等，其中還有前朝直接承襲下來的指揮使司，長官為指揮使，宣慰使、宣撫使、安撫使等；另一種是由行政部門管轄，也設府、縣等，官員稱土知府、土知縣，通常由少數民族頭人擔任。
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