待秦良玉起身之后，朱由校沖一旁的小宦官揮了揮手。
小宦官會意，躬著身子退了出去，并把殿門關好。
見此情形，方從哲臉色一緩，他知道，陛下這是準備關起門來說話了。
隨后，朱由校將目光看向了方從哲：“方閣老，這里沒有外人，不知內閣如何看待這個案子？”
“回陛下的話，教會中人，研制瘟病，荼毒大明百姓與士兵。
如此喪盡天良、人神共憤之事，無論如何都必須嚴懲。
不嚴懲不足以平民憤，不嚴懲不足以張大明之威，不嚴懲不足以顯天子之尊，更對不起我等身上流淌的血脈……”
方從哲的最后一句話，直接將這件案子，上升到了民族大義上面。
他的聲音不大，卻鏗鏘有力，清晰的傳入了每一個人的耳中，直接表明了自己的態度。
看著方從哲一臉憤然的模樣，朱由校心中既有詫異，也有欣慰。
詫異的是，一向喜歡和稀泥的方從哲，今日態度，竟會如此明確，且強硬。
欣慰的是，方從哲到底還知道自己身上流淌的是炎黃血脈，并未因為政治上的利弊而放棄民族的大義。
一群外來的洋毛子，在大明的國土上，用大明的孩童做瘟病實驗，并荼毒大明百姓與士兵。
面對這種事情，但凡還有點兒良知的人，又怎么可能會為了政治上的得失，而忘記心中的大義呢？
“陛下，方閣老說的是，對于教會如此惡行，朝廷若不施以嚴懲，我等便是死后，也無顏去面對列祖列宗啊！”
說話的是張維賢，身為世襲的英國公，自己的祖先當年跟隨成祖皇帝出征韃虜，所創下的豐功偉績，一直都是他最為驕傲的事情。
在英國公的心里，大明永遠都是最強、最尊貴的，四方蠻夷，全都得匍匐在大明的腳下才行。
如今區區一個教會、幾個洋毛子，就敢在大明攪風攪雨，張維賢自然是無法忍受的。
“臣等附議！！”
一旁的周嘉謨、孫如游、秦良玉幾人也齊聲附和，而后目光灼灼的看向朱由校。
“諸位愛卿所言，甚合朕心，教會必須嚴懲，所有相關人員，必須誅連！！”
迎著眾人的目光，朱由校也一臉殺氣的表明了自己的態度。
君臣意見一致，會議的基調也定了下來。
教會必須嚴懲，但是該怎么懲治，便成為了眾人接下來需要仔細商談的事情了。
正如之前內閣所顧慮的那樣，想要嚴懲大明境內的教會，勢必會牽扯十萬乃至數十萬人進來。
而那些人，又全都是一些有身份、有地位、有權勢的人。
雖然如今朱由校手下有著四萬新軍和兩萬勇衛營。
可是，想要同時針對大明境內的所有教會與教徒，也沒那么容易。
一旦那些人聯合起到一起，來一個魚死網破，定會對大明造成無法想象的損失，甚至會動搖大明的根基。
這個損失，誰也承擔不起……
態度要有，但是事情該怎么解決，卻需要一個兩全其美的辦法。
沉吟許久，朱由校拿起徐光啟那封題本說道：“諸位愛卿，朕以為，徐光啟在通州的做法就很好！
朝廷只針對那些支撐教會并做下惡事之人。
對于那些加入教會時間尚短和單純的交流學習之人，可以放過，給他們一個活命的機會與希望。
這樣一來，那些加入教會的信徒，便不會串聯到一起，也方便朝廷各個擊破。”
方從哲附和道：“陛下說的是，那些人能夠勾結教會做出這等惡事，想來也是極為自私自利之人，只要讓他們看到一點兒活命的希望，他們就不會選擇硬拼。”
“哈哈，方閣老說的好啊，人都是自私的！”
聽到方從哲的一番話，朱由校也不由笑出了聲。
這個混跡朝堂多年的老家伙，對于人性的把握，還是很有發言權的。
一旁的周嘉謨也上前說道：“陛下，臣以為，再敲定這件案子之前，朝廷應該再行加派人手，將之朝廷將教會歸為宗教的公文，盡快下發到各地官府。
好讓一部分官員先行得到消息，提前退出教會，來減少朝廷清剿教會的阻力。
待收拾完那些洋毛子和主要信徒之后，再行對剩余的人秋后算賬，也方便許多！！”
“好，周愛卿此法甚好！！”
對于周嘉謨提出的這個建議，朱由校想也不想的便通過了。
雖然這個方法有那么點兒背信棄義的味道，但也的確是一個分化教會勢力的好辦法。
“陛下，老臣以為，既然京城教會的主教克爾斯并未參與此案，不妨將他放出來，然后讓他寫一份批判聲明，來批判其它教堂所做出的惡事，來一個以夷制夷。
這樣一來，不僅可以從內部瓦解教會，也可以使其無路可退，是朝廷完成對教會的掌控！”
在周嘉謨之后，孫如游也不甘寂寞的獻上了自己的良策。
一旁的張維賢與秦良玉，聽到幾位閣臣提出的建議，也不由心頭一跳。
這幫老家伙，平時看起來唯唯諾諾，結果一個比一個腹黑。
“果然，能夠混跡朝堂之上，且入主中樞的人，沒一個省油的燈。
隨便使個壞心眼兒，就不是一般人能夠受的了的。”
心中這般向著，張維賢與秦良玉二人，也不由挪了挪屁股，想著離這三個老東西遠一點兒的好。
坐在案牘后的朱由校聽完方從哲三人的建議之后，心里卻是樂開了花。
想想自己登基之后，與內閣和百官斗了這么久，今日終于能夠坐在一起，來合力算計他人了。
這種君臣和睦的感覺，還真是讓人分外享受。
“三位愛卿的建議都很好，此案必須要辦，但也不能操之過急！”
說到這里朱由校頓了頓，然后繼續說道：“江南那邊可以先放一放，待遼東、山東、山西、陜西這邊清剿完成，北方安定之后，再行對江南下手。”
“陛下此乃上策，只是，該如何使江南那邊安定不動呢？”
方從哲認同了朱由校想法的同時，也提出了自己的疑問。
朱由校笑了笑：“這個簡單，把供詞改一下就行了！”
“改供詞？”
眾人聞言，微微一怔，全都一臉愕然的看向朱由校。
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